A coordenação da Reserva da Biosfera e de todo o seu processo de planificação e gestão é da responsabilidade do Município de Santana, que através da empresa Terra Cidade, dá cumprimento à implementação e gestão de ações e projetos direcionados neste âmbito. Foi precisamente o Município quem assumiu desde o início a intenção de desenvolvimento e criação da Reserva da Biosfera e conseguiu reunir em volta deste projeto todos os apoios necessários.
A gestão da Reserva Santana Madeira Biosfera, após deliberação camarária e da assembleia municipal, incide na denominada “Unidade de Gestão” constituída pela Câmara Municipal de Santana, pela Terra Cidade, pelo Diretor do Parque Natural da Madeira, Dr. Paulo Oliveira e pelo Presidente da Ordem dos Biólogos e coordenador da candidatura a Reserva Mundial da Biosfera, Dr. Domingos Abreu.
Esta Unidade de Gestão tem como principal objetivo a gestão dos aspetos ambientais e de desenvolvimento socioeconómico relacionados com o âmbito declarado pela UNESCO e servir de elemento que coordena e garante que as funções e objetivos da Reserva se cumprem.
A Unidade de Gestão tem em conta as três grandes funções da reserva:
A Unidade de Gestão da Reserva Santana Madeira Biosfera tem definido no seu plano de ação projetos que visam o bom funcionamento da Reserva e a promoção de atividades inovadoras e demonstradoras ao nível do desenvolvimento sustentável. Alguns dos projetos tiveram já a sua concretização, como por exemplo: a criação de uma rede de Centros da Biosfera; integração do projeto internacional "Smart Biosphere"; realização de ações de formação para guias e outros agentes na área do turismo.